בשנות ה-60 חזר המבנה לידי העירייה .בשלב זה פרץ סכסוך בעלות בין העירייה ובין תושבי תלפיות, שבראשם עמדו מרדכי כספי שפסק לטובת אנשי השכונה. העירייה נאלצה לשפץ את המבנה על חשבונה בסיוע הקרן לירושלים וכנראה בעזרת תרומה שהתקבלה מן הסופר ש"י עגנון, תושב השכונה, מתוך הכספים שקבל בעקבות קבלת פרס נובל: מספרים כי אריה קליין, שנפטר בשנת 2015, טען שהוא שכנע את עגנון לתרום חלק מכספי פרס נובל לשיפוץ בית הכנסת. הוא אמר לו: "בעוד 400 שנה השם עגנון כבר לא יהיה ידוע, את הספרים שלך כבר ישכחו, אבל אם תדאג שבית הכנסת יקרא על שמך, שמך ימשיך להתקיים בתודעת האנשים לעוד מאות שנים".